详细见这里: http://admin-apps.isiknowledge.com/JCR/JCR?SID=T12Ij35goO4cNHh9geN
几个中国的杂志，影响因子超过3的期刊有Cell Research（IF=8.151）、Nano Research (IF=4.370)、 Fungal Diversity(IF=3.803)，cell research爆发啊，molecular plant 2.784，其中最牛逼的是ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION A ，这个期刊去年才2.051，今年涨到49.926!
详见 http://news.sciencenet.cn//htmlnews/2010/4/231511.shtm
牛人啊。。。兄弟们以后去沙特做博后吧，哈哈
EMBO J. 2010 Apr 16
Rice early flowering1, a CKI, phosphorylates DELLA protein SLR1 to negatively regulate gibberellin signalling [全文]
今天发现所长发了篇EMBO，和水稻GA相关的，文章里介绍了一个casein kinase I，可以磷酸化水稻的DELLA 蛋白 SLR1，进而负调控GA信号
以下内容转自http://news.sciencenet.cn//htmlnews/2010/3/229814.shtm
林鸿宣：誓干一辈子水稻研究的新科院士
“我喜欢静下心来好好搞科研，按照自己的方向。搞科研千万不能跟风，要慢慢积累。”
PNAS，Published online before print February 22, 2010
Arabidopsis thaliana life without phytochromes 
一篇很有意思的文章，植物没有了phytochromes会怎样？能不能活？答案是，it depends！！ 阅读全文…
PNAS，February 1, 2010
Enhancement of fruit shelf life by suppressing N-glycan processing enzymes 
作者发现，番茄里面的两个基因α－甘露糖苷酶（α－Man）和β－氨基己糖苷酶（β－Hex）促进番茄果实的成熟软化，这两个基因的RNAi植物明显要比野生型耐保存1个月之久，而超表达的植株则加快了成熟软化，且这两个基因受植物成熟所需激素乙烯的诱导，转录谱比较发现在RNAi的植株里，一些细胞壁降解和果实成熟相关的基因表达下调。 阅读全文…
Cell, Volume 140, Issue 1, 111-122, 8 January 2010
Transcriptional control of gene expression by microRNAs
我们知道miRNA和其他小RNA比如siRNA一样，是在转录后调控基因表达，但是miRNA在转录水平上是否起到调控作用不清楚，这篇文章 阅读全文…
Plant biologists fear for cress project
Is enthusiasm withering for funding studies into Arabidopsis thaliana?
文中说到很多国家的基金已经开始限制对拟南芥研究资金投入，开始转向真正的作物研究，具体看文章。。。
Nature ，8 February 2010
Control of Arabidopsis apical–basal embryo polarity by antagonistic transcription factors
我们知道细胞都有极性，胚更有apical–basal axis，将来会分化出shoot/root顶端分生组织，目前知道这种极性是由PLETHORA (PLT) genes所控制，这篇文章 阅读全文…
Plant Cell Published on February 26, 2010; 10.1105/tpc.109.072447
Cell Cycle–Mediated Regulation of Plant Infection by the Rice Blast Fungus
我们知道稻瘟菌在侵染水稻过程中会产生附着胞，附着胞的产生与细胞周期有着紧密的联系。在这篇文章中…… 阅读全文…
Plant Cell Published on February 12, 2010; 10.1105/tpc.109.070789
放假归来，放一篇遗传所的文章，讲一个水稻transverse filament (TF) protein，与减数分裂联会复合体的关系。
BMC Evolutionary Biology, 2010,1,20 前面版主提到的文章，再附上科学网的报道:
Plant Cell Advance Online Publication
Published on January 19, 2010; 10.1105/tpc.109.072041
Global Epigenetic and Transcriptional Trends among Two Rice Subspecies and Their Reciprocal Hybrids 
一看这种题目就知道肯定是邓兴旺做的，测了日本晴和9311，以及它们正反交后代的转录组，表观组（甲基化以及3种组蛋白修饰），小RNA组，然后分析，话说一年前我也想做的，当时我只想测个亲本以及正反交后代的转录组，通过SNP找出受基因组印记调控的基因，材料都准备好了，后来觉得太贵而且没有进一步的想法就搁浅了，幸亏没做。
Cell Volume 140, Issue 1, 136-147, 8 January 2010
H2A.Z-Containing Nucleosomes Mediate the Thermosensory Response in Arabidopsis
植物感受温度的调节因子，cell的article，多牛自然不用废话，出自john innes centre，以下科学网的评论：
植物会因为四季或昼夜的温度变化而调整生长状态，那么它们靠什么来感知外界温度变化呢？英国研究人员说，植物在基因层面有一个特殊的“温度计”。这一发现将有助于研究人员培育出更能适应当前气候变化的植物新品种。
英国约翰·英尼斯中心的研究人员在最新一期《细胞》杂志上报告说，他们利用拟南芥这种植物进行了实验。研究人员使用可以导致这种植物发光的基因手段，使其在温度越高的环境下能发出越多的光。
研究人员发现，一种名为H2A.Z的组蛋白是植物的“温度计”。当植物生长的环境温度较低时，这种组蛋白会绑在DNA（脱氧核糖核酸）上，使得一些基因无法发挥作用，从而抑制植物生长；而当温度升高时，它就会松开DNA，相关基因就可以发挥作用，指导植物生长。
研究人员认为，一些植物随着天气冷暖而延后或提前开花，都是受这套系统控制。 但如果这种组蛋白因变异而出现问题时，植物就可能无法感知到外界温度变化。研究人员说，因为植物无法移动，如果它不能迅速适应某个地方的气温变化，就有在当地灭绝的危险。研究人员希望在了解植物温控系统的特点后，能培育出更能适应气候变化的植物新品种。
Science 1 January 2010
The Rate and Molecular Spectrum of Spontaneous Mutations in Arabidopsis thaliana
作者对单籽传法传了30代的拟南芥col生态型的5个后代进行全基因组测序，与原始的基因组序列对比一共发现99 个碱基的替换和 17或大或小的插入和删除，每一代基因组中任何一个碱基发生突变的可能性为7 × 10E−9。其中主要的突变是G:C→A:T的突变，同时也发现主要的突变来源就是甲基化的C脱氨基和紫外导致的突变 。
看了这篇文章我们还能说啥，只能说啥课题都有人做，这种课题也有人做还发了science，不过意义倒是很重要。
完整Abstract见下：
PNAS, 14.12.09
中国科学院院士李家洋领导的研究团队12月14日在新一期美国《国家科学院院刊》（PNAS）上发表论文说，他们发现并解析了决定稻米食用和蒸煮品质的基因调控网络。这一研究成果将有助于开发口感更好的稻米品种。 稻米是人类的重要主食，因此改良稻米食用品质具有重要意义。科学界此前已发现，稻米的食用和蒸煮品质主要由直链淀粉含量、胶稠度、糊化温度决定，但对上述性状发挥作用的分子机制并不清楚。为此，中科院遗传与发育生物学研究所、中国水稻研究所和扬州大学研究人员以及美国堪萨斯州立大学的中国籍研究人员在分子水平上对这一机制进行了分析。
在历时7年的研究中，研究人员利用候选基因关联分析法和分子遗传学发现了18个与稻米淀粉合成相关基因的相互作用，以及由此构成的调控稻米食用和蒸煮品质的精细网络，从而在分子水平上揭示了直链淀粉含量、胶稠度、糊化温度的相关性、决定这3个性状的主效基因和微效基因及它们之间的作用关系。研究人员还进一步通过转基因实验证实了他们的发现。
这项研究表明，可以通过转基因工程或分子标记辅助育种技术同时改变稻米的3个品质性状，实现在高产基础上的优质水稻品种的选育。
Plant Cell Advance Online Publication
Published on December 11, 2009; 10.1105/tpc.109.066845
Dynamic Landscapes of Four Histone Modifications during Deetiolation in Arabidopsis
邓兴旺的文章，他们用光处理拟南芥，然后用大规模的方法研究组蛋白修饰的变化，即H3K9ac, H3K9me3, H3K27ac, and H3K27me3这四种。他们发现H3K9ac and H3K27ac这两种修饰是非转座元件基因特异的，而其他两种没有特异性。特殊的光条件影响了修饰区域的数量同时，修饰的强度与基因表达存在相关关系。此外作者还研究了修饰下游target基因的变化情况，他们发现，在光处理条件下，光合作用基因的激活与乙酰基修饰变化有关，而H3K27ac 和H3K27me3则可能与光调控GA代谢有关。这篇文章研究了植物应对外界环境变化整个组蛋白修饰情况的变化，进而揭示了组蛋白修饰在另外一个层面上控制光形态建成的重要作用。
Published Online December 3, 2009
Science DOI: 10.1126/science.1180278
Targeted 3′ Processing of Antisense Transcripts Triggers Arabidopsis FLC Chromatin Silencing
这篇文章与上篇nature是同个实验室做的，同样都是FLC。作者通过诱变，发现了两个抑制RNA介导的FLC Chromatin Silencing蛋白，CstF64 和 CstF77，他们是RNA 3′末端加工因子。在突变体中，FLC的正义转录本不受影响，但是在FLC的反义转录本修饰中，CstF64和CstF77是必须得，一个特异的RNA结合蛋白引导了他们与邻近的反义polyA的活性，这种特异的修饰加工引起组蛋白去甲基化酶的活性从而抑制FLC的正向转录。反义转录本3′末端的修饰来调节正义转录本的活性，也许也是一个普遍机制。这两篇文章真漂亮！做基础科研就应该这样，发现新的机制，完善旧的观念，榜样啊！
Nature 462, 799 (2009)
Cold-induced silencing by long antisense transcripts of an Arabidopsis Polycomb target
FLC是控制开花的重要基因，植物体内存在大量的non-coding RNA，这些ncRNA的作用并不清楚，在此之前已经发现了FLC的antisense转录本，并且知道在持续的冷处理时，植物的FLC基因会被Polycomb 家族蛋白 PHD–PRC2 complex所抑制，这就是春化作用。在这篇文章里，作者发现在持续冷处理情况下，FLC基因会产生大量的antisense长转录本，而正义转录本下降，并且这与春化作用的一些marker基因无关。用FLC基因的antisense转录本的启动子加在一个35S-GFP的下游，发现在冷处理下GFP也会被抑制。作者的结果说明了在冷诱导下，FLC基因产生大量的反义转录本，这一过程在FLC的沉默早期起到重要作用，进而招募Polycomb机制。并且这种机制也许是一种普遍机制，在特殊时期或条件下，通过反义的转录本来调节正义转录本的表达。
Science 4 December 2009
Structural Mechanism of Abscisic Acid Binding and Signaling by Dimeric PYR1
又一篇ABA受体结构的文章，Science的article啊，最近很火啊。
推荐这个网址：http://www.hjcz.org/bbs/read.php?tid=219399&page=e&fpage=1 (关于09年ABA的重要文献)
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