在“转基因恐慌化”的今天，多点科普类的文章并不是坏事。放在这里是想分享下——别人是如何慢慢来讲述BT蛋白的故事，也许将来，以后有亲朋好友或好奇或措辞激烈的问我们转基因是如何如何时，我们也能慢慢的和他们说一说转基因的故事。
Bt蛋白的故事 拟南芥 发表于 2010-05-04 0:06 原文见这里
（文笔还不错，虽然作者自己说是“处男作” (￣_￣|||)
明治维新后的日本，经济发展十分迅速，养蚕业就是一个代表。当时日本不仅是最大的蚕丝产地，还是最主要的蚕丝出产国。不过在19世纪和20世纪之交，一种叫做猝倒病的细菌性疾病袭击了日本的养蚕业。被感染的病蚕突然停止进食桑叶，随后出现颤抖的症状，并且很快侧倒死亡。这种病传染迅速，来势猛烈，对整个产业形成了威胁。于是日本的科学家希望能找到对付这种传染病的办法。1901年，细菌学家石渡繁胤 （Shigetane Ishiwata）成功地分离出了猝倒病的病原体。在显微镜下，病原体细菌呈棒状，是一种杆菌。石渡将它命名为猝倒杆菌。不过石渡并没有更深入地研究下去，也没有及时发表研究结果。所以他的发现很快就被埋没了。
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1. 来自浙大的研究人员对“糯米砂浆”令古建筑物坚固不倒的原理进行探查
（以下来自科学网报道） 最新一项研究显示，如今已成为亚洲人饮食主要组成部分的美味糯米，是使中国古代一种砂浆性能超强的根本原因。研究人员还发现，这种砂浆仍然是现存修复古代建筑的最好材料。
砂浆是一种用于填充砖块、石块和其他建筑材料之间缝隙的糊状物。中国科学家张冰剑(音译)和同事研究发现，距今大约1500年前，古代中国的建筑工人通过将糯米汤与标准砂浆混合，发明了超强度的“糯米砂浆”。标准的砂浆成分是熟石灰，即经过煅烧或加热至高温，然后放入水中的石灰岩。 阅读全文…
看到的新闻，开头写的蛮好：http://www.sciencetimes.com.cn/m/user_content.aspx?id=320885
众所周知，食物是那些自然界长期演化，并经过人类不断培育的物种所提供的，最初的能量都来源于绿色植物的光合作用，但前提是农民要付出辛勤的劳动。如果农民纷纷离开土地，传统的劳作与养殖方式被现代农业技术和大机器所取代，即人越来越懒，而农业依然要满足不断增长的人口需求时，会出现什么样的情景呢？这里，全球最发达的美国已经给出了答案。 阅读全文…
Nature , 25 March 2010
Haploid plants produced by centromere-mediated genome elimination 全文下载
那天和师妹讨论但单倍体的纯和优势，水稻单倍体培养主要通过花粉组培，但并不是所有植物都能“接受”这种方式。NATURE的这篇文章提供了一个新思路.cool ～ 
单倍体植物（仅从一个亲代遗传染色体）在遗传研究中有重要优势，在植物育种中也极为重要——它们被用来生成纯合子二倍体，从而避免很多代的近亲繁殖。单倍体的培育目前主要2种方式：配子体培养或者从少量种间杂交可以诱导出来，但总有局限范围。Maruthachalam Ravi 和 Simon Chan开发出一种通过种子来生成单倍体拟南芥的简单方法，该方法可以很容易被推广到农作物。
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来源：第一财经日报—转载自科学网 原文链接
2009年底，农业部向两种转基因水稻和一种转基因玉米颁发了安全证书，更早的2008年，农业部门启动了总额约200亿元人民币的转基因生物新品种培育科技重大专项，据称为培育一批抗病虫、抗逆、优质、高产、高效的重大转基因生物新品种，提高农业转基因生物研究和产业化整体水平，为中国农业可持续发展提供强有力的科技支撑。 阅读全文…
原文来自重生的译言：http://article.yeeyan.org/view/115683/71449?from=index_top_article
满COOL的一项研究，曾经爱玩游戏，爱看小说，难道是为了满足大脑回路的某种要求就像追逐巴普洛夫的铃铛那样？ 以下是全文，感谢译文网的翻译者。
探索，你不可能停下来。仿佛超越了对食物、性和睡眠的需求，我们对无数的电子信息碎片有着无尽的渴求。我们如此好奇地搜集信息以致卷入麻烦也在所不惜。Google的搜索结果甚至成为陪审团做出无效判决的原因，他们在听完证词后无视法官的解释直接在网上自己寻找事实。我们甚至去搜索那些我们不太关心的信息。Nina Shen Rastogi在Double X上坦白说：“我男朋友威胁和我分手，如果我继续在外出吃饭时不停的用iPhone翻看名人八卦。”是时候想想我们到底是否神智健全了。Virginia Heffernan在New York Times说自己如此沉迷Twitter上关于Henry Louis Gates Jr.被捕的新闻，以致花很多天来不断刷新消息就像一只嗑了药的猴子。
我们其实一点也不像实验室里不停地按下开关给自己大脑一点电流刺激的小白鼠。但是当我们敲键盘，点击搜索按钮时，我们看起来就在刺激我们大脑中和小白鼠一样的系统，那是50多年前科学家探索老鼠颅脑时偶然发现的。
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Proc Natl Acad Sci U S A. 2009 Oct 5.
Small RNAs serve as a genetic buffer against genomic shock in Arabidopsis interspecific hybrids and allopolyploids.
美国多个大学分子生物研究中心和中科院遗传所联合 发在PNAS上 ，文中提到了一个有趣的名字“genetic buffer”，暂且翻译成“遗传缓冲剂”吧。
在相近的物种和中间杂交种中研究small RNA 表达多样性，研究对象为两种拟兰芥植物Arabidopsis thaliana 和 A. arenosa.，它们的异源四倍体Arabidopsis suecica,综合该四倍体的杂交株系后代(F(1) and F(7))上，结果发现重复和转座子相关的siRNA在Arabidopsis thaliana 和 A. arenosa中表达差异很大，这种差距变化的siRNA群在F1中也很明显急剧变化，但在Arabidopsis suecica和F7中保持稳定，miRNA 和 tasiRNA的序列在种间保守但是表达模式在异源四倍体及其亲本中变化很大。。。总之，结论genetic buffer 就是当杂交种内发生genomic shock时，为了染色质和基因组的和谐稳定，相关的siRNA群发挥了作用，而表达差异的miRNA则引导着gene在表达上的变化和生活力的适应性。
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Genome Res. 2009 Aug
Clusters and superclusters of phased small RNAs in the developing inflorescence of rice （PDF)
genome research 近几年发了不少篇关于small RNA（MiRNA）的文章，新的小RNA，以及在基因组内的分布 规律或者做种间种内比较研究，都脱不开丰富的基因组学知识，对水稻小RNA从初期到对各个组织各个时期建库分析，这已经是第N篇了，题目说的是花期的小RNA，（其实啥都做了），siRNA早期也有人做过簇状分布的研究，但是那时候对整个small RNA的了解还没那么丰富多，现在回过头来再分析一番，配上漂亮的图片，又是一篇好文。
为了研究水稻发育过程中small RNA的调节作用，对成熟叶片，根，茎和花small RNA做454测序分析（有钱有技术啊！），cluster多由两种small RNA组成24-nt RNA和21－ntRNA，它们的分布和表达模式都不一样。24－ntRNA富集在基因组的重复区域并且在四种组织都表达但是区别不大，文章给的结论是24－nt RNA对重复区元件的沉默起着housekeeping 看家功能，而21nt RNA组成虽少，且在基因组分布上非随机， 却能被分成31 superclusters,（miRNA果然小鬼当家），这类重复和small RNA的形成相关，并且优先在花期表达，其中还包括一部分退化的22nt RNA，研究还发现一类新型miRNA可能介导cleavage of the cluster motif。。。
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Annu. Rev. Plant Biol. 2006. 57:19–53
MicroRNAs and Their Regulatory Roles in Plants
05年的综述，虽然在small RNA产生和调控机理上很多 内容已更新，但作为一篇研究植物small RNA的入门文章还是很好的。
MicroRNAs (miRNAs) 是小内源性RNA在植物和动物中调节基因表达，这些21nt的RNA由类DICER酶从长的初始转录本上的茎环结构上加工而来，再导入沉默复合体，在复合体中分裂互补的mRNA。miRNA介导的基因调控对植物发育进程有重要影响，多以一些编码转录因子和F－box蛋白作为靶基因来，而这些靶基因恰是调控网络的中心环节。
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Annu. Rev. 2005 January 13
Starch Degradation
前几年的综述了 研究对象主要是拟兰芥，叶片中的淀粉降解PAHWAY，也分析了和传统的淀粉储藏器官胚乳中PATHWAY的异同
近期对拟兰芥叶片夜间淀粉降解研究表明这类途径和教科书上的模式差别还是比较大的，虽然有些途径已经知道，但仍有许多有待研究。来自淀粉颗粒的葡聚糖由β－淀粉酶水解成麦芽糖并输出叶绿体。在细胞质中，麦芽糖是transglucosylation反应的基质，生成葡萄糖glucose 和 glucosylated 受体分子。是何种酶攻击淀粉体生成葡聚糖，生成何种受体分子还不知道。拟兰芥叶片的光合器官中淀粉的瞬时积累及其途径在其他物种中也适用，但对于谷类的胚乳和豆类的果实来说淀粉积累模式还是传统途径，这篇文章也阐述了不同体系之间的关联和区别。
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Nature precedings 2009 May
A novel superior factor widely controlling the rice grain quality
from Tokyo University of Science etc.
胚乳的生成过程主要包括储藏淀粉的合成和蛋白的积累。 这一过程当受到遭遇逆境胁迫时例如高温会收到强烈影响，因此，全球气候变暖的趋势会对食物的产量产生极大威胁 。淀粉合成和蛋白贮藏途径中的酶类相互作用，生成水稻胚乳，但其调控机理还不明了。本研究发现了一个新的调控子OsCEO1,作用是胚乳在灌浆时期的引导体。flo－2的表型类似于受到高温影响的产生的粉质性状，说明这一基因对高温胁迫敏感 。对flo2图位克隆到的OsCEO1与已知的功能基因都不存在同源性，它属于一个非保守的基因家族，编码1720个氨基酸，包含一个三角四肽重复区（TPR），可能参与蛋白互作。酵母双杂找出1个未知的晚期胚胎发育同源蛋白及1个假定helix-loop-helix蛋白作用OsCEO1的直接互作对象，结果中并没有与淀粉蛋白贮藏合成相关的酶类，而在flo2突变体中，很多这类的酶，主要是假定的调控蛋白，表达上都下调。总之，研究表明，OsCEO1可能在整个胚乳生成途径的上游调控，并对高温胁迫的响应起着重要作用。
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Plant Cell Physiol. 2009 Aug
Overexpression of BiP has inhibitory effects on the accumulation of seed storage proteins in endosperm cells of rice [下载]
贮藏蛋白在种子成熟过程中特异大量合成并经由内质网沉积在蛋白体（PB）内，这一种积累过程由ER伴侣如BiP，PDI等介导。为了研究这些伴侣蛋白的作用和它们与种子贮藏蛋白积累水平变化之间的联系，以胚乳特异启动子glutelin promoter在植株胚乳中过表达Bip和PDI。PDI过表达植株的表型和WT差不多，但Bip过表达植株呈现不透明，具体表型为粉质floury和皱缩shrink，贮藏蛋白和淀粉含量的水平都低于WT。有趣的是，在转化株中，不光来自ER的PB-I构型改变，而且还产生了新的类PB结构，该结构包括BiP，含谷蛋白的高电子密度基质和含谷醇溶蛋白的低电子密度基质，并且还附着多核糖体，研究推测这类构型可能属于ER产生的PB-I的衍生物，它产生于内质网，并对种子蛋白的翻译，折叠和传送有抑制作用。 阅读全文…
Plant Cell Rep. 2007 26:1083–1095
Knockout of a starch synthase gene OsSSIIIa/Flo5causes white-core floury endosperm in rice (Oryza sativa L.)
研究SSIIIa 在颖果淀粉合成中的作用，T－DNA插入突变体flo5－1和flo5－2的表型是粉质心白，为中间部分的淀粉体松散.利用X-ray衍射分析发现flo5淀粉结晶度相对野生型衰退，DP 30的长链成分减少，同时DP 6 到 8 and与DP 16 到 20的链型也减少，只有DP 9 到 15 和 DP22 到 29增多，利用差量扫描量热法DSC，糊化温度降低1－5度。进一步阐明OsSSIIIa/Flo5和其他同类SS异构体在淀粉合成中的作用。
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The Plant Journal，2005 Jun;42(6):901-11
White-core endosperm floury endosperm-4 in rice is generated by knockout mutations in the C4-type pyruvate orthophosphate dikinase gene (OsPPDKB)
心白表型的flo4水稻突变体通过SEM可以扫描到中心部位松散的淀粉异常解构，突变位点是T－DNA插入编码丙酮酸磷酸盐激酶的OsPPDKB基因第五外显子中，果实的重量比野生型要轻上6％，淀粉含量相似但总蛋白含量增多。自花受精后10天OsPPDKB的表达都明显增多，主要在胚乳，糊粉层，胚中表达。研究结果表明PPDKB调节了颖果发育过程中的碳代谢途径
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