武亮师兄关于miRNA的又一篇文章
2010年4月12日
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去年的一篇Plant Cell见这儿，今年在Molecular Cell又发一篇，师兄你是我们的偶像。
DNA Methylation Mediated by a MicroRNA Pathway [全文] [感谢红军长征论坛的mhl]
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PMID: 19850038 BADH1 乙醛氧化 过氧物酶体
2009年10月25日
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今天女朋友硬盘坏了，我很郁闷。 
FEBS Lett. 2009 Oct 19.
OsBADH1 is possibly involved in acetaldehyde oxidation in rice plant peroxisomes [下载]
水稻BADH2是跟香味有关的基因 (详情点此)。该文研究BADH1，在过氧物酶体中催化乙醛的氧化(该处BADH2表达极少)，并且水淹时mRNA表达减少。未见全文，机理应该没有阐述得很清楚，只是一些讨论和猜测。
PMID: 19805056 small RNA 表达调控 异源多倍体
2009年10月14日
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Proc Natl Acad Sci U S A. 2009 Oct 5.
美国多个大学分子生物研究中心和中科院遗传所联合 发在PNAS上 ，文中提到了一个有趣的名字“genetic buffer”，暂且翻译成“遗传缓冲剂”吧。
在相近的物种和中间杂交种中研究small RNA 表达多样性，研究对象为两种拟兰芥植物Arabidopsis thaliana 和 A. arenosa.，它们的异源四倍体Arabidopsis suecica,综合该四倍体的杂交株系后代(F(1) and F(7))上，结果发现重复和转座子相关的siRNA在Arabidopsis thaliana 和 A. arenosa中表达差异很大，这种差距变化的siRNA群在F1中也很明显急剧变化，但在Arabidopsis suecica和F7中保持稳定，miRNA 和 tasiRNA的序列在种间保守但是表达模式在异源四倍体及其亲本中变化很大。。。总之，结论genetic buffer 就是当杂交种内发生genomic shock时，为了染色质和基因组的和谐稳定，相关的siRNA群发挥了作用，而表达差异的miRNA则引导着gene在表达上的变化和生活力的适应性。
PMID:19584097 small RNA 簇状分布 水稻基因组
2009年10月13日
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Genome Res. 2009 Aug
Clusters and superclusters of phased small RNAs in the developing inflorescence of rice （PDF)
genome research 近几年发了不少篇关于small RNA（MiRNA）的文章，新的小RNA，以及在基因组内的分布 规律或者做种间种内比较研究，都脱不开丰富的基因组学知识，对水稻小RNA从初期到对各个组织各个时期建库分析，这已经是第N篇了，题目说的是花期的小RNA，（其实啥都做了），siRNA早期也有人做过簇状分布的研究，但是那时候对整个small RNA的了解还没那么丰富多，现在回过头来再分析一番，配上漂亮的图片，又是一篇好文。
为了研究水稻发育过程中small RNA的调节作用，对成熟叶片，根，茎和花small RNA做454测序分析（有钱有技术啊！），cluster多由两种small RNA组成24-nt RNA和21－ntRNA，它们的分布和表达模式都不一样。24－ntRNA富集在基因组的重复区域并且在四种组织都表达但是区别不大，文章给的结论是24－nt RNA对重复区元件的沉默起着housekeeping 看家功能，而21nt RNA组成虽少，且在基因组分布上非随机， 却能被分成31 superclusters,（miRNA果然小鬼当家），这类重复和small RNA的形成相关，并且优先在花期表达，其中还包括一部分退化的22nt RNA，研究还发现一类新型miRNA可能介导cleavage of the cluster motif。。。
PMID: 16669754 植物miRNA RNA沉默 发育 调控
2009年10月12日
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Annu. Rev. Plant Biol. 2006. 57:19–53
MicroRNAs and Their Regulatory Roles in Plants
05年的综述，虽然在small RNA产生和调控机理上很多 内容已更新，但作为一篇研究植物small RNA的入门文章还是很好的。
MicroRNAs (miRNAs) 是小内源性RNA在植物和动物中调节基因表达，这些21nt的RNA由类DICER酶从长的初始转录本上的茎环结构上加工而来，再导入沉默复合体，在复合体中分裂互补的mRNA。miRNA介导的基因调控对植物发育进程有重要影响，多以一些编码转录因子和F－box蛋白作为靶基因来，而这些靶基因恰是调控网络的中心环节。
PMID: 15862090 综述 淀粉降解
2009年10月11日
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Annu. Rev. 2005 January 13
前几年的综述了 研究对象主要是拟兰芥，叶片中的淀粉降解PAHWAY，也分析了和传统的淀粉储藏器官胚乳中PATHWAY的异同
近期对拟兰芥叶片夜间淀粉降解研究表明这类途径和教科书上的模式差别还是比较大的，虽然有些途径已经知道，但仍有许多有待研究。来自淀粉颗粒的葡聚糖由β－淀粉酶水解成麦芽糖并输出叶绿体。在细胞质中，麦芽糖是transglucosylation反应的基质，生成葡萄糖glucose 和 glucosylated 受体分子。是何种酶攻击淀粉体生成葡聚糖，生成何种受体分子还不知道。拟兰芥叶片的光合器官中淀粉的瞬时积累及其途径在其他物种中也适用，但对于谷类的胚乳和豆类的果实来说淀粉积累模式还是传统途径，这篇文章也阐述了不同体系之间的关联和区别。
PMID: ? OsCEO1 高温 种子性状
2009年10月10日
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Nature precedings 2009 May
A novel superior factor widely controlling the rice grain quality
from Tokyo University of Science etc.
胚乳的生成过程主要包括储藏淀粉的合成和蛋白的积累。 这一过程当受到遭遇逆境胁迫时例如高温会收到强烈影响，因此，全球气候变暖的趋势会对食物的产量产生极大威胁 。淀粉合成和蛋白贮藏途径中的酶类相互作用，生成水稻胚乳，但其调控机理还不明了。本研究发现了一个新的调控子OsCEO1,作用是胚乳在灌浆时期的引导体。flo－2的表型类似于受到高温影响的产生的粉质性状，说明这一基因对高温胁迫敏感 。对flo2图位克隆到的OsCEO1与已知的功能基因都不存在同源性，它属于一个非保守的基因家族，编码1720个氨基酸，包含一个三角四肽重复区（TPR），可能参与蛋白互作。酵母双杂找出1个未知的晚期胚胎发育同源蛋白及1个假定helix-loop-helix蛋白作用OsCEO1的直接互作对象，结果中并没有与淀粉蛋白贮藏合成相关的酶类，而在flo2突变体中，很多这类的酶，主要是假定的调控蛋白，表达上都下调。总之，研究表明，OsCEO1可能在整个胚乳生成途径的上游调控，并对高温胁迫的响应起着重要作用。
[整理] 水稻乙醛脱氢酶ALDH相关
2009年10月10日
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乙醛脱氢酶(ALDH)是一类广泛分布于原核生物和真核生物中的基础酶类。植物中已经发现的ALDH有12类，水稻中通过序列的比对发现有10类20个ALDH基因，分布于10条染色体上。
PMID: 19567376 BiP 伴侣蛋白 内质网应激 贮存蛋白
2009年10月9日
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Plant Cell Physiol. 2009 Aug
Overexpression of BiP has inhibitory effects on the accumulation of seed storage proteins in endosperm cells of rice [下载]
贮藏蛋白在种子成熟过程中特异大量合成并经由内质网沉积在蛋白体（PB）内，这一种积累过程由ER伴侣如BiP，PDI等介导。为了研究这些伴侣蛋白的作用和它们与种子贮藏蛋白积累水平变化之间的联系，以胚乳特异启动子glutelin promoter在植株胚乳中过表达Bip和PDI。PDI过表达植株的表型和WT差不多，但Bip过表达植株呈现不透明，具体表型为粉质floury和皱缩shrink，贮藏蛋白和淀粉含量的水平都低于WT。有趣的是，在转化株中，不光来自ER的PB-I构型改变，而且还产生了新的类PB结构，该结构包括BiP，含谷蛋白的高电子密度基质和含谷醇溶蛋白的低电子密度基质，并且还附着多核糖体，研究推测这类构型可能属于ER产生的PB-I的衍生物，它产生于内质网，并对种子蛋白的翻译，折叠和传送有抑制作用。 阅读全文…
PMID: 17297616 OsSSIIIa/Flo5 心白
2009年10月8日
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Plant Cell Rep. 2007 26:1083–1095
Knockout of a starch synthase gene OsSSIIIa/Flo5causes white-core floury endosperm in rice (Oryza sativa L.)
研究SSIIIa 在颖果淀粉合成中的作用，T－DNA插入突变体flo5－1和flo5－2的表型是粉质心白，为中间部分的淀粉体松散.利用X-ray衍射分析发现flo5淀粉结晶度相对野生型衰退，DP 30的长链成分减少，同时DP 6 到 8 and与DP 16 到 20的链型也减少，只有DP 9 到 15 和 DP22 到 29增多，利用差量扫描量热法DSC，糊化温度降低1－5度。进一步阐明OsSSIIIa/Flo5和其他同类SS异构体在淀粉合成中的作用。
PMID: 15941402 FLO-4 心白 OsPPDKB
2009年10月8日
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The Plant Journal，2005 Jun;42(6):901-11
心白表型的flo4水稻突变体通过SEM可以扫描到中心部位松散的淀粉异常解构，突变位点是T－DNA插入编码丙酮酸磷酸盐激酶的OsPPDKB基因第五外显子中，果实的重量比野生型要轻上6％，淀粉含量相似但总蛋白含量增多。自花受精后10天OsPPDKB的表达都明显增多，主要在胚乳，糊粉层，胚中表达。研究结果表明PPDKB调节了颖果发育过程中的碳代谢途径
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