Nature. 2010 Apr 21
An RNA polymerase II- and AGO4-associated protein acts in RNA-directed DNA methylation. [全文]
朱健康，一个RNA聚合酶II和AGO4相关的蛋白指导RNA介导的DNA甲基化。
以下是科学网的中文报道：《自然》：中外科学家发现与基因“沉默”有关特殊基因
感兴趣可以看看这篇报道/文章：《自然》社论分析日本科研资助体系
这星期水稻文献不多，艰难地扒了几篇：
计数器： Plant J×1，Plant Biotechnol J×1，J Plant Physiol×1，TAG×1，Trends in Plant Science×2
去年的一篇Plant Cell见这儿，今年在Molecular Cell又发一篇，师兄你是我们的偶像。
DNA Methylation Mediated by a MicroRNA Pathway [全文] [感谢红军长征论坛的mhl]
Nature , 25 March 2010
Haploid plants produced by centromere-mediated genome elimination 全文下载
那天和师妹讨论但单倍体的纯和优势，水稻单倍体培养主要通过花粉组培，但并不是所有植物都能“接受”这种方式。NATURE的这篇文章提供了一个新思路.cool ～ 
单倍体植物（仅从一个亲代遗传染色体）在遗传研究中有重要优势，在植物育种中也极为重要——它们被用来生成纯合子二倍体，从而避免很多代的近亲繁殖。单倍体的培育目前主要2种方式：配子体培养或者从少量种间杂交可以诱导出来，但总有局限范围。Maruthachalam Ravi 和 Simon Chan开发出一种通过种子来生成单倍体拟南芥的简单方法，该方法可以很容易被推广到农作物。
PNAS，Published online before print February 22, 2010
Arabidopsis thaliana life without phytochromes 
一篇很有意思的文章，植物没有了phytochromes会怎样？能不能活？答案是，it depends！！ 阅读全文…
PNAS，February 1, 2010
Enhancement of fruit shelf life by suppressing N-glycan processing enzymes 
作者发现，番茄里面的两个基因α－甘露糖苷酶（α－Man）和β－氨基己糖苷酶（β－Hex）促进番茄果实的成熟软化，这两个基因的RNAi植物明显要比野生型耐保存1个月之久，而超表达的植株则加快了成熟软化，且这两个基因受植物成熟所需激素乙烯的诱导，转录谱比较发现在RNAi的植株里，一些细胞壁降解和果实成熟相关的基因表达下调。 阅读全文…
Cell, Volume 140, Issue 1, 111-122, 8 January 2010
Transcriptional control of gene expression by microRNAs
我们知道miRNA和其他小RNA比如siRNA一样，是在转录后调控基因表达，但是miRNA在转录水平上是否起到调控作用不清楚，这篇文章 阅读全文…
Nature ，8 February 2010
Control of Arabidopsis apical–basal embryo polarity by antagonistic transcription factors
我们知道细胞都有极性，胚更有apical–basal axis，将来会分化出shoot/root顶端分生组织，目前知道这种极性是由PLETHORA (PLT) genes所控制，这篇文章 阅读全文…
Current Opinion后面的文献引用总是亮点，可以很直观地看到相关的推荐文献。
关于植物非生物胁迫的模型分析/发展中国家分子育种面临的挑战和展望 阅读全文…
PNAS Published online before print January 21, 2010
Synthetic design of strong promoters
RT，偏重技术性方面的，启动子设计过程的文章。 阅读全文…
Current Opinion in Plant Biology Available online 14 January 2010.
‘Omics’ analyses of regulatory networks in plant abiotic stress responses 
RT，用组学方法研究非生物胁迫的综述
另：Plant Physiology Preview
Published on January 15, 2010; 10.1104/pp.109.149872
水稻PHO1基因在磷酸盐动态平衡中的作用，以及基因进化方面的研究。
√ 再附一篇不相关的文：A Comparison of the Effects of Three GM Corn Varieties on Mammalian Health(html全文)
根据发表在2009年12月一期《生物科学国际期刊》上的研究，三种孟山都公司的转基因玉米能让老鼠的肝脏、肾脏和其它器官受损。三种转基因玉米品种，一种设计能抗广谱除草剂（即所谓的Roundup-ready），另外两种含有细菌衍生蛋白质，具有杀虫剂特性。这项研究利用了孟山都自己的原始数据。
1. Current Opinion in Plant Biology Available online 11 January 2010.
Grass genome organization and evolution
如题，牧草基因组的结构和进化
2. Trends in Plant Science Available online 12 January 2010.
Induced BVOCs: how to bug our models?
BVOC＝biogenic volatile organic compounds，生物体自身挥发物。文章偏重生态方面多些。
3. Plant Cell Published on January 12, 2010
拟南芥某抑制基因参与NO介导的应急反应和过氧化氢诱导的NO积累过程。配图所示是NO的检测。
关于植物Abiotic Stress Adaptation的书，Springer2010新鲜出品，GoogleBook给了200多页全文的阅览 (地址点我)，全书Amazon的售价是$195.39。
正在看，分享给大家。说句题外话，GoogleBook确实是个好东西，虽然它遭受着正义人士所谓版权的控诉。
Cell Volume 140, Issue 1, 136-147, 8 January 2010
H2A.Z-Containing Nucleosomes Mediate the Thermosensory Response in Arabidopsis
植物感受温度的调节因子，cell的article，多牛自然不用废话，出自john innes centre，以下科学网的评论：
植物会因为四季或昼夜的温度变化而调整生长状态，那么它们靠什么来感知外界温度变化呢？英国研究人员说，植物在基因层面有一个特殊的“温度计”。这一发现将有助于研究人员培育出更能适应当前气候变化的植物新品种。
英国约翰·英尼斯中心的研究人员在最新一期《细胞》杂志上报告说，他们利用拟南芥这种植物进行了实验。研究人员使用可以导致这种植物发光的基因手段，使其在温度越高的环境下能发出越多的光。
研究人员发现，一种名为H2A.Z的组蛋白是植物的“温度计”。当植物生长的环境温度较低时，这种组蛋白会绑在DNA（脱氧核糖核酸）上，使得一些基因无法发挥作用，从而抑制植物生长；而当温度升高时，它就会松开DNA，相关基因就可以发挥作用，指导植物生长。
研究人员认为，一些植物随着天气冷暖而延后或提前开花，都是受这套系统控制。 但如果这种组蛋白因变异而出现问题时，植物就可能无法感知到外界温度变化。研究人员说，因为植物无法移动，如果它不能迅速适应某个地方的气温变化，就有在当地灭绝的危险。研究人员希望在了解植物温控系统的特点后，能培育出更能适应气候变化的植物新品种。
新一期，非水稻的三篇
关键词：邓兴旺，拟南芥，蛋白互作，调节光周期和花期
2. Auxin-Mediated Ribosomal Biogenesis Regulates Vacuolar Trafficking in Arabidopsis
关键词：拟南芥，生长素介导的核糖体合成，液泡运输
关键词：西红柿，蛋白调控免疫相关的细胞程序性死亡
Current Opinion in Plant Biology Available online 6 January 2010.
Sugar signals and molecular networks controlling plant growth
如题，糖信号和代谢网络控制植物生长的综述
Science 1 January 2010
The Rate and Molecular Spectrum of Spontaneous Mutations in Arabidopsis thaliana
作者对单籽传法传了30代的拟南芥col生态型的5个后代进行全基因组测序，与原始的基因组序列对比一共发现99 个碱基的替换和 17或大或小的插入和删除，每一代基因组中任何一个碱基发生突变的可能性为7 × 10E−9。其中主要的突变是G:C→A:T的突变，同时也发现主要的突变来源就是甲基化的C脱氨基和紫外导致的突变 。
看了这篇文章我们还能说啥，只能说啥课题都有人做，这种课题也有人做还发了science，不过意义倒是很重要。
完整Abstract见下：
Current Opinion in Plant Biology Available online 22 December 2009.
Genomic and expression plasticity of polyploidy
多倍体(wheat, cotton, sugarcane)基因组和表达的可变性。
Plant Cell Advance Online Publication
Published on December 11, 2009; 10.1105/tpc.109.066845
Dynamic Landscapes of Four Histone Modifications during Deetiolation in Arabidopsis
邓兴旺的文章，他们用光处理拟南芥，然后用大规模的方法研究组蛋白修饰的变化，即H3K9ac, H3K9me3, H3K27ac, and H3K27me3这四种。他们发现H3K9ac and H3K27ac这两种修饰是非转座元件基因特异的，而其他两种没有特异性。特殊的光条件影响了修饰区域的数量同时，修饰的强度与基因表达存在相关关系。此外作者还研究了修饰下游target基因的变化情况，他们发现，在光处理条件下，光合作用基因的激活与乙酰基修饰变化有关，而H3K27ac 和H3K27me3则可能与光调控GA代谢有关。这篇文章研究了植物应对外界环境变化整个组蛋白修饰情况的变化，进而揭示了组蛋白修饰在另外一个层面上控制光形态建成的重要作用。
Published Online December 3, 2009
Science DOI: 10.1126/science.1180278
Targeted 3′ Processing of Antisense Transcripts Triggers Arabidopsis FLC Chromatin Silencing
这篇文章与上篇nature是同个实验室做的，同样都是FLC。作者通过诱变，发现了两个抑制RNA介导的FLC Chromatin Silencing蛋白，CstF64 和 CstF77，他们是RNA 3′末端加工因子。在突变体中，FLC的正义转录本不受影响，但是在FLC的反义转录本修饰中，CstF64和CstF77是必须得，一个特异的RNA结合蛋白引导了他们与邻近的反义polyA的活性，这种特异的修饰加工引起组蛋白去甲基化酶的活性从而抑制FLC的正向转录。反义转录本3′末端的修饰来调节正义转录本的活性，也许也是一个普遍机制。这两篇文章真漂亮！做基础科研就应该这样，发现新的机制，完善旧的观念，榜样啊！
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