Nature. 2010 Apr 21
An RNA polymerase II- and AGO4-associated protein acts in RNA-directed DNA methylation. [全文]
朱健康，一个RNA聚合酶II和AGO4相关的蛋白指导RNA介导的DNA甲基化。
以下是科学网的中文报道：《自然》：中外科学家发现与基因“沉默”有关特殊基因
去年的一篇Plant Cell见这儿，今年在Molecular Cell又发一篇，师兄你是我们的偶像。
DNA Methylation Mediated by a MicroRNA Pathway [全文] [感谢红军长征论坛的mhl]
Nature , 25 March 2010
Haploid plants produced by centromere-mediated genome elimination 全文下载
那天和师妹讨论但单倍体的纯和优势，水稻单倍体培养主要通过花粉组培，但并不是所有植物都能“接受”这种方式。NATURE的这篇文章提供了一个新思路.cool ～ 
单倍体植物（仅从一个亲代遗传染色体）在遗传研究中有重要优势，在植物育种中也极为重要——它们被用来生成纯合子二倍体，从而避免很多代的近亲繁殖。单倍体的培育目前主要2种方式：配子体培养或者从少量种间杂交可以诱导出来，但总有局限范围。Maruthachalam Ravi 和 Simon Chan开发出一种通过种子来生成单倍体拟南芥的简单方法，该方法可以很容易被推广到农作物。
PNAS，Published online before print February 22, 2010
Arabidopsis thaliana life without phytochromes 
一篇很有意思的文章，植物没有了phytochromes会怎样？能不能活？答案是，it depends！！ 阅读全文…
Cell, Volume 140, Issue 1, 111-122, 8 January 2010
Transcriptional control of gene expression by microRNAs
我们知道miRNA和其他小RNA比如siRNA一样，是在转录后调控基因表达，但是miRNA在转录水平上是否起到调控作用不清楚，这篇文章 阅读全文…
Nature ，8 February 2010
Control of Arabidopsis apical–basal embryo polarity by antagonistic transcription factors
我们知道细胞都有极性，胚更有apical–basal axis，将来会分化出shoot/root顶端分生组织，目前知道这种极性是由PLETHORA (PLT) genes所控制，这篇文章 阅读全文…
PNAS Published online before print January 21, 2010
Synthetic design of strong promoters
RT，偏重技术性方面的，启动子设计过程的文章。 阅读全文…
Cell Volume 140, Issue 1, 136-147, 8 January 2010
H2A.Z-Containing Nucleosomes Mediate the Thermosensory Response in Arabidopsis 
植物感受温度的调节因子，cell的article，多牛自然不用废话，出自john innes centre，以下科学网的评论：
植物会因为四季或昼夜的温度变化而调整生长状态，那么它们靠什么来感知外界温度变化呢？英国研究人员说，植物在基因层面有一个特殊的“温度计”。这一发现将有助于研究人员培育出更能适应当前气候变化的植物新品种。
英国约翰·英尼斯中心的研究人员在最新一期《细胞》杂志上报告说，他们利用拟南芥这种植物进行了实验。研究人员使用可以导致这种植物发光的基因手段，使其在温度越高的环境下能发出越多的光。
研究人员发现，一种名为H2A.Z的组蛋白是植物的“温度计”。当植物生长的环境温度较低时，这种组蛋白会绑在DNA（脱氧核糖核酸）上，使得一些基因无法发挥作用，从而抑制植物生长；而当温度升高时，它就会松开DNA，相关基因就可以发挥作用，指导植物生长。
研究人员认为，一些植物随着天气冷暖而延后或提前开花，都是受这套系统控制。 但如果这种组蛋白因变异而出现问题时，植物就可能无法感知到外界温度变化。研究人员说，因为植物无法移动，如果它不能迅速适应某个地方的气温变化，就有在当地灭绝的危险。研究人员希望在了解植物温控系统的特点后，能培育出更能适应气候变化的植物新品种。
Current Opinion in Plant Biology Available online 6 January 2010.
Sugar signals and molecular networks controlling plant growth
如题，糖信号和代谢网络控制植物生长的综述
Science 1 January 2010
The Rate and Molecular Spectrum of Spontaneous Mutations in Arabidopsis thaliana
作者对单籽传法传了30代的拟南芥col生态型的5个后代进行全基因组测序，与原始的基因组序列对比一共发现99 个碱基的替换和 17或大或小的插入和删除，每一代基因组中任何一个碱基发生突变的可能性为7 × 10E−9。其中主要的突变是G:C→A:T的突变，同时也发现主要的突变来源就是甲基化的C脱氨基和紫外导致的突变 。
看了这篇文章我们还能说啥，只能说啥课题都有人做，这种课题也有人做还发了science，不过意义倒是很重要。
完整Abstract见下：
Current Opinion in Plant Biology Available online 22 December 2009.
Genomic and expression plasticity of polyploidy
多倍体(wheat, cotton, sugarcane)基因组和表达的可变性。
Plant Cell Advance Online Publication
Published on December 11, 2009; 10.1105/tpc.109.066845
Dynamic Landscapes of Four Histone Modifications during Deetiolation in Arabidopsis
邓兴旺的文章，他们用光处理拟南芥，然后用大规模的方法研究组蛋白修饰的变化，即H3K9ac, H3K9me3, H3K27ac, and H3K27me3这四种。他们发现H3K9ac and H3K27ac这两种修饰是非转座元件基因特异的，而其他两种没有特异性。特殊的光条件影响了修饰区域的数量同时，修饰的强度与基因表达存在相关关系。此外作者还研究了修饰下游target基因的变化情况，他们发现，在光处理条件下，光合作用基因的激活与乙酰基修饰变化有关，而H3K27ac 和H3K27me3则可能与光调控GA代谢有关。这篇文章研究了植物应对外界环境变化整个组蛋白修饰情况的变化，进而揭示了组蛋白修饰在另外一个层面上控制光形态建成的重要作用。
Published Online December 3, 2009
Science DOI: 10.1126/science.1180278
Targeted 3′ Processing of Antisense Transcripts Triggers Arabidopsis FLC Chromatin Silencing
这篇文章与上篇nature是同个实验室做的，同样都是FLC。作者通过诱变，发现了两个抑制RNA介导的FLC Chromatin Silencing蛋白，CstF64 和 CstF77，他们是RNA 3′末端加工因子。在突变体中，FLC的正义转录本不受影响，但是在FLC的反义转录本修饰中，CstF64和CstF77是必须得，一个特异的RNA结合蛋白引导了他们与邻近的反义polyA的活性，这种特异的修饰加工引起组蛋白去甲基化酶的活性从而抑制FLC的正向转录。反义转录本3′末端的修饰来调节正义转录本的活性，也许也是一个普遍机制。这两篇文章真漂亮！做基础科研就应该这样，发现新的机制，完善旧的观念，榜样啊！
Nature 462, 799 (2009)
Cold-induced silencing by long antisense transcripts of an Arabidopsis Polycomb target
FLC是控制开花的重要基因，植物体内存在大量的non-coding RNA，这些ncRNA的作用并不清楚，在此之前已经发现了FLC的antisense转录本，并且知道在持续的冷处理时，植物的FLC基因会被Polycomb 家族蛋白 PHD–PRC2 complex所抑制，这就是春化作用。在这篇文章里，作者发现在持续冷处理情况下，FLC基因会产生大量的antisense长转录本，而正义转录本下降，并且这与春化作用的一些marker基因无关。用FLC基因的antisense转录本的启动子加在一个35S-GFP的下游，发现在冷处理下GFP也会被抑制。作者的结果说明了在冷诱导下，FLC基因产生大量的反义转录本，这一过程在FLC的沉默早期起到重要作用，进而招募Polycomb机制。并且这种机制也许是一种普遍机制，在特殊时期或条件下，通过反义的转录本来调节正义转录本的表达。
Science 4 December 2009
Structural Mechanism of Abscisic Acid Binding and Signaling by Dimeric PYR1
又一篇ABA受体结构的文章，Science的article啊，最近很火啊。
推荐这个网址：http://www.hjcz.org/bbs/read.php?tid=219399&page=e&fpage=1 (关于09年ABA的重要文献)
Curr Opin Plant Biol. 2009 Oct;12(5):643-9.
Cis-regulatory elements in plant cell signaling.
某位叫周峰的著名博士极力推荐之……哈哈 
文章提供了很多寻找顺式作用元件相关的工具，网址之类，确实挺有用。
Nature Genetics 41, 1275 – 1281 (2009)
The genome of the cucumber, Cucumis sativus L.
Science玉米基因组出来后，Nature也不甘落后。18个合作单位9个是China。关于重要性见正文Abstract。
Nature advance online publication 6 November 2009
A gate–latch–lock mechanism for hormone signalling by abscisic acid receptors
nature article的文章，自然不用多说，ABA受体一直争议颇多，直到去年这个时候才差不多有定论，这篇文章解出了受体的结构以及结合ABA后结构的变化，阐明了作用机理，具体看文章。
上周听报告听人说这周玉米基因组的文章要出来，果然，science上一连登了3篇玉米相关的文章，都是美国做的，据说美国佬搞水稻：玉米大概是5：95，中国正好相反，感兴趣的自己看看吧。
The B73 Maize Genome: Complexity, Diversity, and Dynamics
Paternal Dominance of Trans-eQTL Influences Gene Expression Patterns in Maize Hybrids
A First-Generation Haplotype Map of Maize
附上同期的评论: Solving the Maze
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