EMBO J. 2010 Apr 16
Rice early flowering1, a CKI, phosphorylates DELLA protein SLR1 to negatively regulate gibberellin signalling [全文]
今天发现所长发了篇EMBO，和水稻GA相关的，文章里介绍了一个casein kinase I，可以磷酸化水稻的DELLA 蛋白 SLR1，进而负调控GA信号
Plant Cell Published on February 12, 2010; 10.1105/tpc.109.070789
放假归来，放一篇遗传所的文章，讲一个水稻transverse filament (TF) protein，与减数分裂联会复合体的关系。
BMC Evolutionary Biology, 2010,1,20 前面版主提到的文章，再附上科学网的报道:
Plant Journal文章来得怎么总是特别慢？除了wiley还有哪个数据库收录Plant Journal的？sciencedirect和springer似乎都没有……
（1）与花相关的同源异型基因（2）茉莉酸信号调控因子RIM1（3）花粉管生长中液泡分选受体和分泌型载体膜蛋白 阅读全文…
Plant Cell Advance Online Publication
Published on January 19, 2010; 10.1105/tpc.109.072041
Global Epigenetic and Transcriptional Trends among Two Rice Subspecies and Their Reciprocal Hybrids 
一看这种题目就知道肯定是邓兴旺做的，测了日本晴和9311，以及它们正反交后代的转录组，表观组（甲基化以及3种组蛋白修饰），小RNA组，然后分析，话说一年前我也想做的，当时我只想测个亲本以及正反交后代的转录组，通过SNP找出受基因组印记调控的基因，材料都准备好了，后来觉得太贵而且没有进一步的想法就搁浅了，幸亏没做。
The Plant Journal Published Online: 9 Dec 2009
(为啥我到现在才收到更新？)
A dynamic gene expression atlas covering the entire life
RT：水稻整个生育期的基因动态表达模式研究。基因芯片的分析很多。
明后天回去参加面试，祝我好运吧！
PLOS One published 08 Jan 2010
过氧化胁迫的基因芯片分析，展示籼粳差异，就这些
BMC Plant Biol. 2009 Dec 17;9(1):149. [Epub ahead of print]
小RNA的过量表达，影响表型。
J Exp Bot. 2009 Dec 16. [Epub ahead of print]
RAN的过量表达，影响抗性。
Plant Mol Biol. 2009 Dec 3.
A gene family encoding RING finger proteins in rice: their expansion, expression diversity, and co-expressed genes. [下载]
关于水稻中RING-finger 蛋白的分析。
3篇PCP的。
VPE液泡加工酶？听上去挺熟悉……
OsDCL2，关于小RNA的，没兴趣的无视吧。
PAP2，控制穗分化的一基因，MADS-box蛋白。
Plant Mol Biol. 2009 Nov 21
Gene expression profiles in rice roots under low phosphorus stress.
低磷环境下水稻根的表达分析。估计没啥可说的。
Plant Physiology Published on November 18, 2009
OsKu70 is associated with developmental growth and genomestability in rice (Oryza sativa L.) <未排版>
Ku70蛋白在修复DNA中起作用，该文讲的是水稻中的Ku70。表达模式、酵母双杂、T-DNA插入突变体、过表达……Ku70被认为是保持染色体稳定和植物正常生长的必须。鉴定DNA损伤的Terminal restriction fragment analysis可以看看。
Plant Cell Advance November 10, 2009
Rice MicroRNA Effector Complexes and Targets
NIBS戚益军的文章，南农的杰出校友，miRNA大家都不陌生，和AGO蛋白结合抑制转录来下调基因表达，水稻中有4个AGO1，分别命名为a,b,c,d，利用RNAi的方法来下调这4个AGO的表达产生了很多发育上的表型并且导致其targets的积累。AGO1a,AGO1b, and AGO1c的复合物被纯化出来做进一步的分析，这三个AGO1倾向于结合5′ U的小RNA，而且具有Slicer activity。通过深度测序发现这三个AGO1都结合一些已知的miRNAs，大部分的miRNAs都均匀的分布这三个AGO1里，说明具有冗余性，同时有一些miRNAs在不同的AGO1里面说明又具有特异性。进一步，我们有大规模的鉴别出水稻的miRNA的targets，这些已知的targets例如转录因子中有的是控制发育上的表型，有的控制多种生理过程，说明miRNA在水稻中具有广泛的调控作用。
Theor Appl Genet. 2009 Nov 8.
应该有不少筒子对于基因定位还存在各种问题的，本文综述部分有一段比较详细的介绍值得一看。我们常用的筛交换单株方法(Selective Recombinant Genotyping，SRG)，作者认为还是太费力(省考表型时间，不省PCR跑胶时间)。该文提出的优化方法不知道是否有用(具体还要参考Genetica的这篇文章)。原理和公式之类超出我理解范畴，有FullText，有兴趣自己看吧。
The Plant Journal (2009) 60, 386–396
Homologous recombination-mediated knock-in targeting of the MET1a gene for a maintenance DNA methyltransferase reproducibly reveals dosage-dependent spatiotemporal gene expression in rice [下载]
同源重组大家都不陌生，拿过诺贝尔奖的，在动物微生物里很普遍，但在植物里很少，这里有篇7月份的文章小日本利用同源重组成功的敲进了一个基因，MET1a-GUS，并能稳定遗传，而且发现是dosage-dependent spatiotemporal gene expression，详细内容见文章。在植物里定向敲除基因一直是搞植物的人的梦想，也是很多公司的研究项目。半年前science上还有两篇利用锌指核酸酶的，那个技术我专门听过西格玛公司的讲座，太贵了，估计过两年价格会下来，而同源重组效率又太低，但相信用不了多久就会有新的方法出现的。
Nature. 2009 Oct 22;461(7267):1130-4.
Unexpected consequences of a sudden and massive transposon amplification on rice gene expression. [下载]
真核生物基因组充斥大量高拷贝的转座子，这些转座子在基因和基因组进化中起到重要作用。难以解释的是，宿主基因组怎么可以在很短时间内，承受住这么多插入片段的冲击。以前我们报道过在某些水稻品种中，转座子mPing每代、每单株可以增加约40个拷贝，这次通过大量测序和Microarray分析，表明绝大多数转座子的插入不会影响基因的转录水平(上调或者无影响)。另外比较新奇的发现是：某类mPing转座子的插入，使得邻近的基因可以受逆境诱导表达(Amazing，调控网络本来就构复杂，还来这么一条……)。
发Nature的原因：第一次阐述转座子等重复元件在genome restructuring 和gene regulation中的作用。
Theor Appl Genet. 2009 Oct 22.
A universal core genetic map for rice. [下载]
文章构建了一个通用核心遗传图谱(Universal Core Genetic Map , UCGM)，目的是使得以后研究起来的遗传图谱构建更加便利。这两天的会议也听到韩国人一个报告，题目叫做“Association analyses between major agronomic traits of morden Korean rice cultivars and allele diversity revealed by even spacing anchor markers”。两者的内容其实是一类的：即如何使现有的Marker更好、更准确地利用于MAS中。有兴趣的筒子看下。
Plant Cell October 13, 2009
CYP76M7 Is an ent-Cassadiene C11a-Hydroxylase Defining a Second Multifunctional Diterpenoid Biosynthetic Gene Cluster in Rice [下载]
美国爱荷华州立大学（这个学校农业非常牛，有个玉米的大牛在那，不过学校所在地气候变态，一年下5个月雪）
生物合成基因簇在微生物中很常见而在植物中极少见到，这就给我们提出个问题关于驱动这些基因在多细胞真核生物中分配的进化力。本文我们确定了一个水稻中的细胞色素P450单加氧酶CYP76M7的生化功能，它在抗真菌素phytocassanes中起作用，并确定了水稻中第二个二萜类生物合成基因簇。这个基因簇具有独特的多功能，包括合成两类不同植保素（抗真菌素phytocassanes和抗细菌素oryzalides/oryzadiones）的酶，还有相关的负责不同转录调控的基因。由于在这个多功能基因簇里缺乏统一共同调控，说明并没有原始的促进这些基因装配的驱动力，但是这个基因簇为专门的植保素代谢所专用。我们猜测，正是由于这中为特殊代谢的专用促进了这些基因的装配。与这个假说一致，我们用分子进化树比较了两个水稻二萜类合成基因簇，发现这两个基因簇经历了独立的加工演变成现在的形式，这显示存在后续的进化选择压力促进相关的生物合成基因聚集在一起形成基因簇。
这篇文章看摘要好费劲啊，文章我也没看，基本上就在做生化，这篇文章的亮点就在于那个同种代谢相关基因进化选择产生基因簇，不然就凭找到一个基因簇，测里面几个基因的酶活是上不了PC的，所以文章不光看实验，更要靠忽悠，能把别人忽悠的看不懂你其实很简单的文章就叫本事。
Genome Res. 2009 Aug
Clusters and superclusters of phased small RNAs in the developing inflorescence of rice （PDF)
genome research 近几年发了不少篇关于small RNA（MiRNA）的文章，新的小RNA，以及在基因组内的分布 规律或者做种间种内比较研究，都脱不开丰富的基因组学知识，对水稻小RNA从初期到对各个组织各个时期建库分析，这已经是第N篇了，题目说的是花期的小RNA，（其实啥都做了），siRNA早期也有人做过簇状分布的研究，但是那时候对整个small RNA的了解还没那么丰富多，现在回过头来再分析一番，配上漂亮的图片，又是一篇好文。
为了研究水稻发育过程中small RNA的调节作用，对成熟叶片，根，茎和花small RNA做454测序分析（有钱有技术啊！），cluster多由两种small RNA组成24-nt RNA和21－ntRNA，它们的分布和表达模式都不一样。24－ntRNA富集在基因组的重复区域并且在四种组织都表达但是区别不大，文章给的结论是24－nt RNA对重复区元件的沉默起着housekeeping 看家功能，而21nt RNA组成虽少，且在基因组分布上非随机， 却能被分成31 superclusters,（miRNA果然小鬼当家），这类重复和small RNA的形成相关，并且优先在花期表达，其中还包括一部分退化的22nt RNA，研究还发现一类新型miRNA可能介导cleavage of the cluster motif。。。
Annu. Rev. Plant Biol. 2006. 57:19–53
MicroRNAs and Their Regulatory Roles in Plants
05年的综述，虽然在small RNA产生和调控机理上很多 内容已更新，但作为一篇研究植物small RNA的入门文章还是很好的。
MicroRNAs (miRNAs) 是小内源性RNA在植物和动物中调节基因表达，这些21nt的RNA由类DICER酶从长的初始转录本上的茎环结构上加工而来，再导入沉默复合体，在复合体中分裂互补的mRNA。miRNA介导的基因调控对植物发育进程有重要影响，多以一些编码转录因子和F－box蛋白作为靶基因来，而这些靶基因恰是调控网络的中心环节。
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